Nach Auflösung der alten Landsmannschaften und unter Beteiligung zahlreicher ehemaliger Mitglieder des Lützowschen Freikorps wurde am 12. Juni 1815 von 113 Studenten vor (oder im) Gasthof „Grüne Tanne“ in Camsdorf bei Jena die Jenaische Burschenschaft gegründet und die „Verfaßungs-Urkunde“ verabschiedet. Ihr prominentes Mitglied war der Dichtersohn Ernst von Schiller (1796-184), ihr erster Sprecher Carl Horn (1794-1879). Die „Grüne Tanne“ war ein von Jenaer Studenten bevorzugtes Gasthaus, wo auch Johann Wolfgang von Goethe (1749-1832) bei seinen dienstlichen Aufenthalten in Jena des öfteren Quartier nahm, Wetterbeobachtungen machte und Besucher (auch Burschenschafter) empfing. Als Farben wählte die Urburschenschaft „Roth und Schwarz“ (nach den Uniformfarben der „Lützower“, Schwarz-Rot-Gold v. u. seit 1843), als Wahlspruch „Dem Biedern Ehre und Achtung“ (seit 1816 „Ehre, Freiheit, Vaterland“). Die erste schmucklose rot-schwarze Fahne wurde 1817 durch die dekorativere rot-schwarz-rote („Wartburgfahne“) abgelöst (heute als gemeinsames Eigentum von Arminia a. d. B., Germania und Teutonia im Städtischen Museum Jena). Ein Verzeichnis der Mitglieder der Urburschenschaft 1815-1819 ist erhalten. Die nach dem Wartburgfest vom 18. Oktober 1817, zu dem die Jenaische Burschenschaft eingeladen hatte, verabschiedeten „Grundsätze und Beschlüsse“ wirkten über die Paulskirchenverfassung (1849) und die Weimarer Verfassung (1919) bis in das Grundgesetz (1949) nach. Das vermutlich bald nach der Gründung einer ersten „Allgemeinen Deutschen Burschenschaft“ (auf dem 2. Jenaischen Burschentag im Oktober 1818) entstandene Wappen zeigt einen durch einen schwarz-silbernes sog. „Deutsches Kreuz“ gevierten Schild. 1. Feld: zwei von einer Ringschlange umgebene verschlungene Treuhände als Symbol der Treue, 2. Feld: die aufgehende goldene Sonne als Symbol der Freiheit, 3. Feld: die deutsche Eiche als Symbol des deutschen Volks oder der Vaterlandsliebe. Das 4. Feld (Leyer und Schwert mit grünem Kranz) soll an Theodor Körners gleichnamige Kriegsliedersammlung erinnern. Das durch ein schwarz-rot-goldenes Band umschlungene Pfeilbündel als Helmzier soll Stärke durch Einigkeit symbolisieren. Nach der Ermordung des Schriftstellers August von Kotzebue (geb. 1761) durch den fanatisierten jenaischen Burschenschafter Karl Ludwig Sand (1795-1820) 1819 in Mannheim wurde auch in Jena die Burschenschaft aufgelöst. Als Folge der studentischen Reformbewegung des Progresses entstanden die Burschenschaften Arminia (seit 1859 Arminia auf dem Burgkeller), Germania und Teutonia. Nach wiederholen vergeblichen Versuchen vereinigten sich die drei jenaischen Burschenschaften 1870 im „Jenenser Deputierten-Convent“ (DC). Auf dessen Initiative erfolgte 1881 die Gründung eines „Allgemeinen Deputierten-Convents“ (ADC), der ununterbrochen bis 1935, seit 1902 als „Deutsche Burschenschaft“ (DB) bestand. 1893 wurde in Jena das traditionsreiche Gasthaus „Burgkeller“ erworben. Nach anfänglichen Sympathien für den Nationalsozialismus wuchs der Widerstand gegenüber dem Alleinvertretungsanspruch der NSDAP. 1936 wurde die Burgkellerburschenschaft aufgelöst und die Tradition in der „Kameradschaft Metzel“ und ab 1939 in der „Kameradschaft Lützow“ fortgesetzt. Im 1. Weltkrieg verstarben 68, im Zweiten Weltkrieg mit seinen Folgen 97 Bundesbrüder. Durch den Bombenangriff vom 19. März 1945 wurde der Burgkeller zerstört. 1950 übernahm die Altherrenschaft die 1949 gegründete Mainzer Burschenschaft „Moguntia“. Mittelpunkt war zunächst das das Gasthaus Johannes Becker XXXIX in Gonsenheim, dann eine Etage in der Mainzer Innenstadt (Steingasse) und ab 1956 das in der Ritterstraße 6 erworbene Haus. Auf dem Burschentag 1966 in Landau hatte Arminia a. d. B. den Vorsitz. 1971 wurde der Jenaer DC in die „Jenaische Burschenschaft“ mit gemeinsamer Satzung und Verfassung sowie (1983) gemeinsamer Ehrenordnung und erweitertem Fahnenabkommen umgewandelt. 1991 erfolgte die Rückkehr nach Jena, zunächst in die Otto-Schott-Straße 14; das ehemlige Verbindungshaus in Jena, der Burgkeller, war im 2. Weltkrieg schwer beschädigt und von den Kommunisten gesprengt worden. Nach dem Verkauf des Hauses in Mainz wurde 1993 die „Grüne Tanne“ in Jena erworben und mit Mitteln des Denkmalschutzes als neuer Sitz der Burschenschaft Arminia a. d. B. historisch getreu wieder aufgebaut. Ein Vergleichsvertrag mit der Stadt Jena legte 1996 das Eigentum der Burschenschaft Arminia a. d. B. an den Insignien der Urburschenschaft fest. Als der Burschentag 2006 den gemeinsamen Antrag von Arminia a. d. B. Germania und Teutonia, die DB solle sich zum deutschen Widerstand bekennen, ablehnte, traten 2006 bzw. 2007 alle drei Burschenschaften aus der DB aus. Daraufhin verließen 14 Bundesbrüder den Bund und gründeten 2007 die sogenannte „Alte Burschenschaft Burgkeller Jena in der DB“. Seit 2016 ist die Burschenschaft Arminia a. d. B. Mitglied der Allgemeinen Deutschen Burschenschaft.
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